瓊脂糖具有親水性，并幾乎*不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性:和吸附，是理想的惰性載體。在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲(EEO)，電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13以下。