RNA的化學性質比DNA活躍得多。RNA分子上緊鄰磷酸二脂鍵的2′羥基基團能直接被RNA酶利用來作為活性因子，從而使得RNA酶無需金屬離子就能發揮活性。由于RNA酶在環境中廣泛存在，特別是RNase A，結構極其穩定，不能通過高溫高壓滅菌失活，因而極難消除，對保持RNA樣品的完整性構成極大的威脅。由于RNase A類酶依賴于活性位點處的組氨酸殘基起催化作用，因此能被組氨酸烷化劑DEPC所抑制。
避免RNA酶的污染的方法：
1．塑料制品：盡可能使用無菌、一次性塑料制品。已標明RNase-free的塑料制品，如沒有開封使用過，通常沒有必要再次處理。對于國產塑料制品，有些廠家提供的產品已達到RNase-free，可以直接使用，再次處理容易造成二次污染，得不償失。但原則上國產塑料制品處理后方可使用。處理方法如下： 
（1）在玻璃燒杯中注入去離子水，加入焦碳酸二乙酯（DEPC）使DEPC的終濃度為0.1%。注意：DEPC有致癌之嫌，須在通風柜中小心操作。 
（2）將待處理的塑料制品放入一個可以高溫滅菌的容器中，注入DEPC水溶液，使塑料制品的所有部分都浸泡到溶液中。 
（3）在通風柜中37℃或室溫下處理。 
（4）將EDPC水溶液小心倒入廢液瓶中，用鋁箔封住含DEPC水處理過的塑料制品的燒杯，高溫高壓蒸氣滅菌少30分鐘。上述處理可以除去器皿上痕量的DEPC，以防DEPC通過羧甲基化作用對RNA的嘌呤堿基進行修飾。 
（5）用合適的溫度（80-90℃）烘烤干燥，置于干凈處備用。 
2．玻璃和金屬制品： 實驗室用的普通玻璃和金屬器皿經常有RNA酶污染，使用前必須于180℃干烤8小時或250℃烘烤3小時以上。另一種方法是用0.1%的DEPC水溶液浸泡。 
3．電泳槽：用于RNA電泳的電泳槽應用去污劑洗干凈，再用水沖洗，用乙醇干燥，然后灌滿3%的H2O2溶液，于室溫放置10分鐘，然后用0.1%DEPC處理過的水*沖洗電泳槽。好能留出一些玻璃器皿，塑料制品和電泳槽作上特殊標記，存放在地點，為RNA 實驗。 
4．移液器： RNase的又一污染源是移液器。根據移液器制造商的要求對移液器進行處理。一般情況下采用用DEPC配制的 70%乙醇擦洗移液器的內部和外部，基本達到要求。移液器金屬退頭器是RNA酶的一個重要來源，實驗前好取下它。 
5．溶液：用高壓滅菌的水和RNA研究的化學試劑配制溶液，用干烤過的藥匙稱取試劑，將溶液裝入無RNA酶的玻璃器皿。可能的話溶液應用0.1% DEPC水于 37℃ 少處理12小時，然后于100℃加熱15分鐘或在15 lbf/in2(1.034×105Pa)的高壓下蒸氣滅菌30分鐘。注：DEPC可與胺類迅速發生化學反應，因此不能用來處理含有Tris一類的緩沖液，可存幾瓶新的，未開封的Tris晶體以制備無RNA酶的溶液。 
6．研究人員： RNA酶廣泛存在于人的皮膚上，主要的潛在污染源是研究人員的手。因此，在準備分離和分析RNA的材料和溶液時，以及在涉及RNA的一切操作過程中，都應戴一次性手套，接觸“臟的”玻璃器皿和其他物品以后，手套就可能沾染上RNA酶，因此進行RNA實驗時應勤換手套